一六六四年,牛顿开始利用课余进行自己的研究。他首先以三棱镜研究光的结构,发现光的分光有不同的折射率。一六六五年至-一六六七年,英国发生可怕的黑死病,死了许多人。大学宣布停课,政府并且下令所有人不准离家远行,以免传播或感染黑死病。当全国笼罩在黑死病的阴影下,风声鹤唳之际,牛顿事后写道:这两年多没课、没地方可去,是他「人生思想迈向颠峰的时刻」。在这时他由无穷等比级数的解法里创立了一门很重要的数学微积分。事后有人问牛顿,为什么他能够有这么伟大的发现,牛顿答道:「我始终把思考的主题像一幅画般摆在面前,再一点一线的去勾勒,直到整幅画慢慢的凸显出来。这需要长期的安静与不断的默想。」牛顿对科学的思索与他的祷告生活有密不可分关系。他常在信仰的思索里想到科学,在科学的思索里想到信仰。在一六六六年他开始思索地球在轨道上的运转,并且计算运转时的重力与离心力的关系,一六六九年他在笔记上写下他的发现万有引力定律 (Law of Gravity)。你知道吗?宇宙里如果没有这一条不变的定律,所有的物体,小至一粒沙,大至一个星球,都将乱飞乱撞,成为混沌(chaos)。牛顿是在什么情况下发现万有引力定律的呢?他的好友史塔克利(Stukeley)答道: “牛顿经常在花园散步,有一天中午他回来了,对我说他看到一粒苹果掉到地上,想到了万有引力。”这粒苹果后来成为牛顿发现万有引力的标志,其实更重要的是,牛顿有独自来到花园祷告与默想的习惯。
当时宗教分子攻击他有一流的科学,却有三流的神学;科学分子攻击他有一流的神学,却有三流的科学;政冶分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流;有人看他孝顺母亲又终身未婚,就中伤他心理不健康,现今还有人说牛顿有恋母情结;有人看他对学生好,就说他有同性恋。这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。一六九二年,日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿,谨称他是”伦敦先知”(Prophet of London),说:「牛顿的万有引力定律是来自对宗教的默想,而非科学的发现,……他必须撇清,如果这是科学就不要写到上帝如何如何,如果是与上帝有关的就不要放入科学范畴。」
无情攻击持续下去,一六九四年有人黑函中伤牛顿。在英国国王出面,任命他为「英国皇家协会会长」(Presidency of the Royal Society)后,这些攻击就突然消失了。 牛顿在以后数十年,根据过去两年半受中伤的经验,坚持给科学界建立「诚实的体系」,而他本身就是最好的模范。成为一个诚实的科学家,是波义耳在死前(1691年)给牛顿及以后所有科学家最好的劝导,波义耳写道: 我老了,这该是我将所知的化学知识写下来的时候了。这些知识,有的是经过多年的实验;有的是与别人仔细讨论而得。我认为是确实的,就尽力地写下来;有些是困难不易明白的,我尽可能的写清楚,好让后来的人能够仔细判断。我把每个研究细节一一写下,透过真实无伪的记载,将知识有效地传递下去。但是,尽管我尽了所有的努力,我仍然无法窥得知识的全貌。现今,我把一生的成果放在你们的手中,愿你们像鉴赏家鉴定艺术品一般。在那一刻,是我呈现对人类与化学深爱的献礼。」
我体会到自己已丧失对福音派的信心;事实上,我变成自由派了。我继续受训去牧养剑桥威斯克府(Westcott House)英格兰教会,然后在自由大公主义的大本营-安立甘神学院坚定我的信念。我心思的改变在一九七七年更加坚定,因为读了《上帝道成肉身的迷思》(The Myth of God Incarnate)和巴雅各(James Barr)的《基要主义》(Fundamentalism) 这些作品终于让我确定,福音派缺乏认真的知识内涵,而被现代学术主流所拒绝。我确信自己无法成为一个有思想的基督徒而又是福音派。自一九七七年以后,时代变化很大,但只有少数福音派人士在牛津大学神学院位居高职。因此,我在剑桥大学圣约翰学院发起一个研究团契,它使我有时间思考我的神学知识。