除了家庭教育外，几年的大学生活对达尔文的思想的形成和发展也具有重要意义。在达尔文时代，牛津大学和剑桥大学都是神学占主导地位的学府，其地球科学仍相信乌雪主教（Archbishop Ussher）的推算，认为地球是公元前四OO四年被创造的。而达尔文进所在的爱丁堡大学却向任何信仰开放，以致于谈不上有什么信仰。在爱丁堡两年中，达尔文结识了几位地质学家、动物学家和植物学家，一起讨论法国生物学家拉马克（Chevalier de Lamarck, 1744～1829）所倡导的渐进式的进化学说。也正是在这个期间，达尔文开始研读他祖父的《生理学》。
在猎犬号船起锚前几个月，地质学家赖尔（Charles Lyell）发表了他的《地质学原理》（Principles of Geology）第一卷，使达尔文有机会在航行中阅读此书。赖尔认为我们今日看到的自然过程是经过漫长的千万年时间缓慢地、静静地逐渐积累而成，即所谓“均变说”。面对瀚浩的自然界，在〈 创世记〉 的洪水和赖尔的均变说之间，达尔文凭信心接受了赖尔的均变说，认为地球的演化经历了极长久的年日。在这个大前题下，航行结束回到英格兰后，达尔文一方面撰写有关这航行的记事文章，另一方面大量阅读文献寻找进化的机制。达尔文阅读了Patrick Matthew的著作（发表于1831年）和Edward Blyth的著作（发表于1835年和 1837年），从他们文中论及的“自然选择过程”（natural process of selection）中直接受到启示，从而提出著名的“自然选择”（natural selection）的进化机制。
在此后廿年中，达尔文孜孜不倦地从事这部巨著的写作。到1858年，达尔文得知另一位英国科学家华莱士（Alfred R. Wallace, 1823～1913）根据他在马来亚为研究生物区的结果，提出与达尔文相同的看法时，大为震惊。在他的朋友赖尔和英国植物学家胡克尔（Joseph Hooker,1817～1911）的力促下，达尔文才放弃了这部巨著的写作，于当年在伦敦林奈学社（ Linnaean Society）以“摘要”（“abstract”）的名义，与华莱士联合发表了长达490页的理论，引起了轰动。
从这段记述看，达尔文晚年是完全悔改了。但这是否真实，霍浦夫人访问记是否真有其事呢？泰勒（Ian T. Taylon）在他所著的《 In the Minds of Men – Darwin and the New World Order》一书中列举了充分的事实，说明达尔文晚年并无悔意，霍浦夫人是一个杜撰的人物16。
由于哥白尼、伽利略等人的努力，日心说被确立，揭开了以观察、实验为主要手段的现代科学的序幕。这是一个巨大的进步。但是，人们在抛弃亚里斯多德的地心说的同时，把神是宇宙的第一因的观点也抛弃了。虽然在现代科学发展初期涌现出以牛顿为代表的一大批杰出的基督徒科学家，但在现代科学发展的过程中，反对超然因素，站在纯粹自然的立场观察、描述自然的自然主义（或人文主义）的世界观逐渐在科学界占据优势。牛顿时代，人们都相信神是宇宙万物和人的创造者。到达尔文时代，神的创造受到怀疑，生物的来源就留下了空白。因此，试图用物理、化学的自然方法来解释生命之源的各种假说就应运而生。达尔文并不是进化论的第一位倡导者。在他以前，进化的思想已经出现了。进化思想的产生是对神的信仰衰落的结果。池迪克博士（Dr. Donald E. Chittick）指出：“达尔文曾经历信仰崩溃。有人或以为达尔文是经过多年研究，才接受了进化论。其实，在他对信仰的信心减退的时候，他对进化论的信心才建立起来。进化论被用以弥补否定‘创造’后遗留下来的空缺。并不是进化论有什么吸引人的地方，能把科学事实解释得更加合理。进化论只是人摒弃‘创造’后，用作弥补空缺的代替品而已”2。达尔文推出进化论的过程正是如此。
美国是以基督教思想立国的国家。但美国对神的信仰近几十年来在急剧衰退中。寇尔森博士（Dr. Charles Colson）尖锐地指出：“基督教信仰一直是美国民主政体的道德基础。近至一九五四年，最高法院还毅然决然地拒绝国家宗教中立化的主张。法官道格拉斯（William O. Douglas）这样说：‘我们是一个有宗教信仰的民族，我们政体的创设是基于天地间有最高主宰的大前题。’想不到短短几年之后，法院却出尔反尔，否决了在学校准许祷告之案。不能在课堂正式祈祷固然不能阻止我们随时随地祷告，但这提案却反映了社会的倾向：在国事上，基于宗教信仰的价值观逐渐消失了。在美国政坛上，这个决定是一个很大的震撼，是一个足以引发断层的地震。”“至七十年代，传统的犹太教与基督教所共有的价值观被忽视的情况有增无减。在政坛上、国事上，宗教被视为落伍甚至是妨碍。最高法院的决策越来越趋向无信仰，甚至公然敌对宗教，一九七三年的堕胎合法化就是一个反教的高峰” 7。和法院一样，美国国家科学院现在仍坚持自然主义的哲学观，致力于“用纯自然的过程来解释一切现象。”科学被视为认识真理的唯一途径。达尔文的进化论被人披上科学的外衣。因此，坚持进化论，教授进化论变成一种有“科学水准”的时尚。由于进化论与学术界流行的自然主义世界观十分投合，科学家和解放神学家来不及对进化论作彻底的了解和慎密的审视便全盘地接受了它，而且以各种权威的方式向大众传播进化论。因此人们以为，在课堂教授的、写在书上的进化论一定是真理。
几年前美国阿拉巴马州政府通过一项律法，要在该州公立学校的教科书上加一个通告： “警告：这本教科书讨论的进化论，是一些科学家对生物(如植物、动物、和人类)的起源提出的科学上的解释，是一个有争议的理论；当生命首次在地球上出现时，无人在场，所以，任何关于生命起源的陈述应该被当作理论而不是事实。”Warning : This textbook discusses evolution, a controversial theory some scientists present as a scientific explanation for the origin of living things, such as plants, animals and humans, no one was present when life first appeared on earth, therefore, any statement about life’s origins should be considered as theory, not fact. (to be on textbooks for public schools in Alabama)
最近，美国堪萨斯州教育局(The Kansas Board of Education)于一九九九年八月十一日(星期三)通过决议:从该州公立学校的科学课程中取消进化论的教授。尽管一些地方的学校仍可能决定教授进化论，但在该州的估评测验(State assessment tests)中不再考进化论。
持权威创造论观点的基督徒完全按字面解释《 圣经》 ，认为宇宙万物是神在六日内创造的，一日是24小时；全然反对任何进化的观点。他们认为宇宙很年轻，地质的变动乃是挪亚时代的洪水所致。莫瑞士博士（Dr. Henry M. Morris）所著的《科学创造论》（Scientific Creationism）可谓其代表著9。近年来，美国创造研究所(Institute for Creation Research) 的学者们著力研究Mount St. Helens火山(八十年代曾爆发)和大峡谷(Grand Canyon)，得到不少支持地球年轻的证据。
达尔文本人对此也相当困惑。在他的著名的《物种起源》（Origin of Species）一书的第六章〈理论的难题〉（Difficulties of the Theory）的“极其完美和复杂的器官” （Organs of Extreme Perfection and Complication）这一节中，他直言不讳地写到，“眼睛有调节焦距、允许不同采光量和纠正球面象差和色差的无与伦比的设计。我坦白地承认，认为眼睛是通过自然选择而形成的假说似乎是最荒谬可笑的。”（To suppose that the eye with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances, for admitting different amounts of light, and for the correction of spherical and chromatic aberration, could have been formed by natural selection, seems, I freely confess, absurd in the highest degree.）
基于这种理论上的困难和中间型物种的缺乏，全力支持达尔文的赫胥黎（Thomas H. Huxley）曾私下多次劝告达尔文接受跳跃式的进化观点，并警告说，“你这样毫无保留地接受自然界绝无大跃进的观点，使你陷入不必要的困难之中”1。但按达尔文的看法，大跃进（或大突变）进化，如眼睛的突然形成，就等于是一个神迹。而达尔文深知，他的学说最具吸引力、最独到的地方乃是比较科学化、拒绝一切科学无法解释的超然主义，用纯自然的观点解释生物的起源；他只有用渐进、微小的变化来解释复杂的大变化，才能持守他这种彻底的唯物主义立场。他明确地说：“如果有人能证明，任何现有的复杂器官，不可能是从无数连续的、微小的突变而来，我的学说就得完全瓦解了”2。他给他的朋友、著名地质学家赖尔（Charles Lyell）的信中对跳跃式进化的观点持严厉批评的态度，“如果我的自然选择理论必须借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之为粪土。……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择理论就不值分文了”3。
十八世纪末期，哈顿（James Hutton）出版的《地球概论》（Theory of the Earth）一书标志著近代地质学的开端。哈顿在该书中系统地阐述了“自然划一原则”（The Principle of Uniformitarianism）。他的一句名言是：“今天乃是解释过去的钥匙。”也就是说，藉著对现今地质现象的观察来解释地球发展的历史。现代地质学的奠基人、英国地质学家赖尔（Charles Lyell）在他的著名的《地质学纲要》（Principle of Geology）一书中进一步完善了“自然划一原则”，认为所有地球的变迁乃是由现今的自然过程经过漫长的时间逐渐积累而成。
与均变说相反，以法国古生物学家居维页（Baron George Cuvier）为代表的灾变学说（Catastrophism）认为，地质记录所显示的乃是多次因天灾引发的突然剧变而非连续的均变。赖尔与达尔文是同代人。赖尔的均变论能提供达尔文的自然选择理论所需要的漫长的历史时间。达尔文推出《物种起源》后，赖尔的均变论逐渐被普遍接受。然而，化石的证据对均变论是相当不利的。
一九五三年，生物界发生了两件大事。一是James Watson和Francis Crick发现了去氧核醣核酸（DNA）的双螺旋结构，揭开了生物遗传的秘密。另一件事是米勒（Stanley L. Miller）从无机物中制造了氨基酸等重要的生命所必须的物质，被认为是支持生命由无机物逐渐进化而来的“无生源论”的重要科学证据。
詹腓力博士（Dr. Phillip E. Johnson）在他的著作中指出：“化石记录问题之中使达尔文主义者最头痛的难处是‘寒武纪大爆炸’（Cambrian Explosion）。大约在六亿年之前，几乎所有动物的‘门’（Phylum）同时在地层中出现，完全没有达尔文主义者必须有的祖先的痕迹。正如道斯所说，‘这些动物化石就好象有人故意放进去的一样，完全没有进化的历史可以追寻。’达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认‘这现象目前仍未能解释，而且的确可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点。’达尔文又说，如果我的学说是确凿的话，‘寒武纪之前的世界必定充满各种活物’” 3。
但古生物学研究的结果正与达尔文所预期的相反。本世纪以来在加拿大哥伦比亚省发现的伯基斯（Burgess Shale of British Columbia）动物群，澳大利亚弗林斯德山脉发现的埃迪卡拉（Ediacarans）动物群和一九八四年在中国云南省昆明市附近的澄江县发现的澄江化石生物群，都进一步证实，在寒武纪，大量的动物门类同时突然出现，展示了地球上生命的形式的爆炸性的突变，无进化痕迹可寻。一些古生物学家报导说，他们在古老的岩石中（被认为在三十亿年以前）找到一些原核生物（如细菌、蓝绿藻等）的化石。此类化石有时是难以分辨真假的。即使这些化石是可靠的，这些原核生物与寒武纪突然出现的复杂的真核动物之间无任何进化关系。
不少受人文主义影响的科学家坚持宇宙永恒、自然演化的无神论观点。在红移现象被发现、推测宇宙在不断膨胀的假说提出后不久，爱因斯坦推出相对论。当别人指出相对的公式中含有宇宙膨胀结论时，爱因斯坦不接受，以为自己的计算有误，所以特引进一个宇宙常数以消除宇宙膨胀或收缩的可能性。虽然现在有些科学家认为，作为一种反重力的因素，爱因斯坦的这个宇宙常数是可能存在的（参见《Reason’s to Believe》,Third Quarter/1999, Vol/l No/3, P. 3），但当年爱因斯坦加上这一宇宙常数，并非出于科学的洞见，而是信仰的支配。因为他不愿意相信宇宙有个开始。所以，在他公开承认失误，接受了宇宙在膨胀、宇宙必有个开始后，心里仍感到别扭。他在和朋友的通信中说：“宇宙膨胀之说，对我有点刺激。”“承认这些证据的可能性，似乎不合理。”不过，这位科学巨匠是值得钦佩的，他毕竟有承认错误的勇气。
前面几章已经提到，自从一八五九年达尔文发表《物种起源》（The Origin of Species）后，进化的思想象野火一样迅速在思想界、科学界蔓延，对《圣经》所启示的创造论提出空前的严重挑战。虽然《圣经》的历史性已被考古学的证据充分证明，不少人仍把进化论当作科学真理，认为创造论不符合科学，是无法接受的。进化论成为许多知识分子接触、接受基督教信仰的阻拦。在谈论信仰时，不能不涉及创造论和进化论的论战。
一九九九年七月二十日，美国阿波罗十一号太空人阿姆斯壮(Neil A. Armstrong)和同事们在华盛顿特区的史密斯松尼太空博物馆(National Air-space Museum, The Smithsonian Institution)欢聚一堂，并接受高尔副总统颁发的蓝利金质奖章，表彰他们三十年前首次登月谱写的人类历史新篇章，把人们又带回难忘的六十年代。对那一段太空研究发展史，在韩伟等著的《科学理智与信仰》（台北：宇宙光出版社，1989）一书中有精采描述。下面的三段记载就摘自该书。
一九六一年四月十二日前苏联宇航员加加林（Yuri A. Gagarin），驾驶载人人造卫星沃斯托克一号（Vostok 1），用八十七分钟成功地绕地球的轨道运行一圈后，太空时代宣告开始。前苏联领导人赫鲁雪夫挟太空优势之威，在同年的联合国会议上的蛮横态度使美国大为震惊。朝野一致努力，美国的太空事业迅速发展。
一九六八年十二月下旬，美国阿波罗八号的三位太空人首次冲破地球的引力进入月球轨道，然后又冲破月球的引力回到地球，为登月铺平了道路。圣诞节清晨他们在太空中轮流朗诵〈创世记〉一章1～10节。美国邮政局为了纪念这次飞行曾发行纪念邮票，邮票图案中央赫然印著四个字“In the beginning God……（起初，上帝…）”。一九六九年七月二十日十时五十六分，阿波罗11号的太空人阿姆斯壮的左脚踏上月球，实现了人类登月的梦想。他和另一位太空人艾德林（Edwin E. Aldrin）在月球表面漫步两个多小时，艾德林在月球上通过卫星转播站向人类发出呼吁：“无论你在何处，请暂时停下来，向上帝表示感谢吧！”他们朗诵了〈诗篇〉第八篇的诗句：“我观看你指头所造的天，并你所陈设的月亮星宿，便说： ‘人算什么，你竟顾念他？世人算什么，你竟眷顾他？’”然后将〈诗篇〉第八篇留在月球上。
一九七一年七月三十一日，阿波罗15号的太空人施高特（David R. Scott）和欧文（James B. Irwin）第四度登月，并驾驶耗资近四千万美元的月球车在月亮上探测六十七小时，搜集了大量资料，被誉为“首次真正的月球探险”。正处在事业巅峰的欧文上校在完成此次飞行后，突然向太空总署递交了辞呈，进入神学院学习。后来他到各处传讲神的福音。他说：当我们飞向月球时，“身后的地球最初还可以清晰地看到海洋、白云、和山脉，美丽极了，就像圣诞树上的装饰。但四个小时后，地球却小得像篮球，不久又缩小成为棒球、乒乓球……这时我才突然发觉自己是这样快地离开地球，内心的感触真是无法形容。……神既然应许我安然返回地面，是要我与各位共享一件事情：神多么伟大，人多么渺小，他也充满了爱。我有独特的权利看见神奇妙的创造，因此神在我身上有特别的旨意，要我对男女老少传讲：神爱世上每一个人，甚至将他的独生爱子耶稣基督赐给我们”21。
有人说，科学的终点就是信仰的起点。此话富于哲理。美国国家航空及宇宙航行局（NASA）、太空研究院的创始人泽斯爵博士（Robert Jastrow），在《神与天文学家》(God and the Astronomers)一书中说过一段令人铭心刻骨的话：“对于一个靠理性的力量而生活的科学家而言，这个故事的结局像是个恶梦。他一直在攀登无知之山，并且快要到达巅峰。当他攀上最后一块石头时，他竟受到一群神学家的欢迎，他们已经在那里恭候无数个世纪了”29。
实证与信心 “拿出证据来！”不信神的人常常理直气壮地这样说，“我是搞科学的，如果有充分的数据说明有神，我就信！”大家习惯于“ 眼见为实”；搞科研的人更强调实证。所以，对五官不能感受的神的真实性总是心里存疑。这些是可以理解的。然而，即便是实验学科，定律也并非仅仅是数据、资料的归纳。爱因斯坦的相对论的两个前设并不是基于实证，而是后来才被证实的。数学是极为严谨的学科，但数学的很多公理的前设都是未经证明、甚至无法证明的。如果要求首先证明这些前设，数学研究就不可能进行。更重要的是，所有实验科学的共同大前提是“自然划一原则”(Principle of Uniformity of Nature)，即，自然规律是宇宙性的、不变的。这个原则早已被人们视为理所当然。没有这个原则，一切科学研究都不能进行。但这个原则是未经证明、也无法证明的。巴斯噶说：“如何证明人知道自己有一天会死？如何证明明天太阳一定会再度升起？这种深入我们下意识的，就是一种说不出的信心。”自然划一原则正是源于基督教的独一真神的信仰，源于人们对神的信心。所以，没有信心，寸步难行。我们对神的信心不是盲目的。《圣经》说：“信就是所望之事的实底，是未见之事的确据”(来十一1)。信心是一种确据。我们信神的确据就是：《圣经》都是神的启示，耶稣从死里复活的历史事实，以及千百万基督徒的生命见证。有了这种确据，我们就可以产生信心飞跃，相信那“看不见”的神。
